Charakteristisch für den Knoblauch ist die Form seines Speicherorgans. Im Gegensatz zu Zwiebeln, die einzelne verdickte Speicherorgane mit mehreren Schalen aus verwachsenen Speicherblättern ausbilden, bildet das Speicherorgan des Knoblauchs in derselben Knolle bis zu 20 Zehen – Beiknospen, aus denen jeweils eine neue Knoblauchpflanze heranreifen könnte.
Diese unterirdisch wachsenden Speicherorgane stellen bei beiden Pflanzen sowohl den essbaren Teil dar als auch den Teil der Pflanze, der sich zur vegetativen Vermehrung eignet. Als Pflanzgut sollte jedoch nicht der erstbeste Knoblauch bzw. die erstbeste Gemüsezwiebel aus dem Supermarkt dienen. Oftmals sind diese behandelt, um sie länger haltbar zu machen, worunter im Gegenzug die Keimfähigkeit leidet. Es empfiehlt sich also, ausschliesslich Zwiebeln und Knoblauch aus Bio-Landwirtschaft oder spezielle Steckzwiebeln und Steckknoblauch für die Pflanzung zu pflanzen.
Die Weise, auf die sich die Pflanzen generativ vermehren, unterscheidet sich hingegen stark. So blüht Knoblauch zwar im Juni ebenfalls, jedoch verharren die Blüten mehrheitlich im Knospenstadium – Samen bilden nur die wenigsten Sorten. Stattdessen erfolgt die Aussaat meist über Brutzwiebeln, die sogenannten Bulbillen, die im Blütenstand wachsen. Bei Zwiebeln hingegen können die Samenkapseln der Blüten geerntet und für die nächste Aussaat verwendet werden.
